펜터치 원고(외형선으로 그려진 만화원고)를 받고 작업분량, 컬러팔레트, 대사를 확인한다. 원고에 적합한 컬러를 구상하고 한 두 장의 시안 작업을 한다. 만화가와 시안을 검토하고 원고의 컬러연출(원고에 사용할 전체적인 색계열, 밝기, 질감, 톤 등)을 협의한다. 컴퓨터 그래픽 프로그램을 사용하여 펜터치 원고 위에 컬러링 레이어를 만든다. 선의 끊어진 부분을 이어 붙여 면으로 완성한다. 컴퓨터 프로그램이 제공하는 각종 그림도구와 펜마우스를 사용하여 캐릭터에 지정된 컬러팔레트의 색을 칠하고 그림자와 양감(입체적인 느낌)을 만든다. 지정된 컬러팔레트가 없는 배경의 경우 전체적인 컬러연출에 어울리는 컬러를 고안하여 표현한다. 컬러를 사용한 다양한 극적 효과(빛, 어두움, 속도감, 심리표현, 폭발, 흔들림, 우주, 바닷속, 동굴 등)를 연출하기도 한다. 원고의 효과음(움직임, 속도감, 중량감 등을 나타내는 글자 또는 말풍선 외의 대사 등)을 표현한다. 식자(말풍선에 대사를 넣는 일) 작업을 하기도 한다. 프리랜서로 활동하는 경우 자신의 컬러링 포트폴리오를 제작하여 활용하기도 한다. 분업화한 웹툰 스튜디오에서는 제작 단계에 따라 밑색 채색 파트와 캐릭터 채색 파트를 나누어 진행하기도 한다. 밑색 파트의 경우, 상대적으로 단순 작업이므로 해외 기업 외주로 제작 비용을 절감하기도 한다. 반면 캐릭터 채색의 경우, 숙련지식이 요구되므로 밑색과 캐릭터 채색의 파트를 분리하여 작업을 진행한다.